1999年4月，学校在原会计系的基础上，整合工商系、投资系、财政系的会计学专业教师，成立财务会计学院，下设会计学和财务管理两个本科专业。财务管理本科专业在当年招生，下设证券和公司理财两个专业方向。

       2000年，会计学院开始招收会计学硕士研究生。

       2004年5月，财务会计学院更名为会计学院。同时，成立财务与会计研究中心。

       2005年，会计学院与西南财经大学会计学院联合培养会计硕士专业学位（MPAcc）研究生。

       2007年，（1）6月，云南省注册会计师协会在云南财经大学会计学院设立CPA奖学金；（2）10月，与全国最高人民检察院建成“全国司法人才培养基地”；（3）会计学院组队代表学校在云南省第三届会计知识大赛总决赛中夺得第一名；（4）12月时任会计学院院长陈红教授主持申报的“国际会计人才培养模式创新试验区”、“会计学特色专业”两个项目被教育部、财政部正式批准立项建设；（5）会计学院开始招收财务管理学术硕士研究生。

       2008年，会计学院成为云南省财政厅在高校设立的第一家“高级会计人才培养基地”，开始实施“2311”工程。学校成为云南省审计厅的“云南省高级审计人才培养基地”。

       2009年，会计学院会计学专业作为云南财经大学首批博士授权专业点建设单位。开展《会计学创新团队建设项目》和《提升会计学实验室建设项目》两个攻坚团队和博士点建设的各项工作。

       2010年，会计学院获得2项国家自然科学基金资助立项，1项国家社会科学基金资助立项。经国务院学位委员会批准，会计学院获批会计学硕士专业学位授权点（MPAcc），2011年开始招收MPAcc会计专业硕士。

       2011年，会计学院获得1项国家自然科学基金、2项教育部人文杜科项目立项资助，ACCA成建制班首次招生，建成全国首家民族类会计专业性博物馆——云南少数民族财会博物馆。

       2012年，会计学院被评为“财政部中国注册会计师协会注册会计师专业联系院校”（全国23所，云南唯一一所），并获得3项国家自然科学基金、2项教育部人文杜科项目立项资助。

       2013年，会计学学科顺利完成博士点健设，成为云南省会计学专业博士研究生招生单位。同年，会计学院被英国特许公认会计师公会确定为（ACCA）云南省唯一的全球ACCA考点。

       2014年，成功申报“云南省公司治理研究创新团队”。

       2015年，云南少数民族财会博物馆更名为中国少数民族财会博物馆，并获得“云南省社会科学普及示范基地”的称号。会计学院的“探寻铜商文化·传承铜都文明”暑期三下乡活动获团中央金奖.

       2016年，《边疆民族地区区域国际化财经人才培养模式创新与实践》教学研究成果获得省级教学成果特等奖。

       2017年，“卓越管理人才计划”获得云南省普通本科高校卓越人才协同育人计划项目立项建设2018年，会计学院成为云南省“三全育人”综合改革试点单位。同年，工商管理学科博士后流动站获得省教育厅正式批准

       2019年，会计学和财务管理专业荣获首批国家级一流本科专业建设点

       2020年，审计学专业成功获批国家级一流本科专业建设点。

       2021年，完成工商管理学科第五轮学科评估。2021年12月17日，威廉希尔体育,威廉体育官方：与云南省审计厅举行厅校合作座谈会并签署合作协议，当下正在逐项落实“一个审计人才培养基地、一个研究型审计智库，一个大数据实验室、一套审计系列精品教材、一批审计高端领军人才”等“五个一”工程建设任务。